Aunque el camino por comprender que paso estuvo plagado de manipulación política y mediática se siguen varias causas judiciales y el Consejo de Guerra estableció sanciones disciplinarias para los mandos superiores de la Armada por la responsabilidad en la peor tragedia no bélica de la historia de nuestro país.
El sumergible fue construido a principios de la década de 1980 en un astillero alemán y tuvo una reparación de media vida que se extendió entre 2007 y 2014. En esa oportunidad en se realizó el replacado de las 960 baterías y el reemplazo de sus cuatro motores. Esta reparación realizada durante el gobierno de Cristina Fernández de Kirchner fue uno de los principales argumentos para desviar las responsabilidades por la desaparición de la nave, pero luego la justicia y las investigaciones periodísticas revelaron datos que señalaban la necesidad de reparar la válvula de acceso de aire, la principal causa del hundimiento, desatendida por el entonces jefe de gabinete macrista Marcos Peña.
El 8 de noviembre de 2017, la nave había partido desde la base naval de Ushuaia en una misión de patrullaje por el litoral marítimo argentino, y se sabe que un día antes de su desaparición reportó un desperfecto eléctrico y un principio de incendio en su sala de máquinas, que se originó como consecuencia de que entrara agua por la válvula de acceso de aire.
La noche del día 16 de noviembre los medios de comunicación informaron que se había perdido contacto con el submarino y horas más tarde, el Ministerio de Defensa reconoció el extravío de la nave, activando un el protocolo para la búsqueda y rescate del que participaron navíos de Argentina, Alemania, Brasil, Chile, Colombia, Estados Unidos, Francia, Gran Bretaña, Noruega, Perú, Uruguay y Rusia.
5 días después, la Marina de los Estados Unidos y la Organización del Tratado para la Prohibición Completa de los Ensayos Nucleares con sede en Viena, informaron que habían detectado "un evento anómalo, corto y consecuente con una explosión/implosión" en la zona por la cual navegaba el sumergible.
Luego de eso, Elisa Carrió afirmaba en un programa de televisión que los tripulantes del ARA San Juan estaban "muertos" con las familias como espectadores, y el 30 de noviembre Defensa admitió que no había posibilidades de encontrar con vida a los marinos, abandonando las tareas de búsqueda.
Tras emprender 50 días de acampe en Plaza de Mayo familiares de las víctimas lograron que el Gobierno acelerara el proceso de contratación de una empresa para iniciar la búsqueda.
El 17 de noviembre de 2018, la Armada confirmó que la empresa contratada para su búsqueda había detectado al submarino a más de 900 metros de profundidad y a 500 kilómetros de la costa patagónica, a la altura de la ciudad de Comodoro Rivadavia.
En julio de 2019, la Comisión Bicameral estableció en un dictamen que hubo "una clara responsabilidad política y administrativa" del Ministro de Defensa y sus funcionarios, y la Justicia proceso a seis oficiales navales, a Mauricio Macri, y al Jefe de la armada por estrago doloso al haber desoído las advertencias sobre el funcionamiento defectuoso del instrumental del submarino.